Mauricio Macri analizaba una reestructuración en la cúpula de las Fuerzas Armadas antes de fin de año, pero la desaparición del submarino fue un punto clave para que el mandatario quiera hacer los cambios ahora. Los principales motivos son la negligencia en el caso y el mal manejo de la información.
En un primer boceto, el Presidente preparaba para fin de año tres principales modificaciones en los siguientes cargos: la remoción del jefe de la Armada, Marcelo Srur; del jefe de la Fuerza Aérea, Víctor Amrein y el del Ejército, general Diego Suñer. Tras el hecho del submarino perdido, los cambios en la cúpula militar se adelantarían.
Desde el gobierno nacional se mostraron muy enojados por el manejo de la información sobre la desaparición del ARA San Juan, acusando a los militares de «ocultar» datos claves. Además, desde la Casa Rosada están convencidos de que hubo negligencia en el caso. Para tomar la decisión final, esperarían que las Fuerzas Armada confirmen el destino del submarino y se sepa que le pasó a los 44 tripulantes.
El Ministerio de Defensa abrió 40 sumarios internos. Oscar Aguad había criticado a Marcelo Srur, por haberse enterado «por los medios» de la pérdida del contacto con el buque. Fue el primer cortocircuito que existió entre el ministro de Defensa y el Almirante, respectivamente.
La Armada, mediante su vocero Enrique Balbi, salió a defenderse de las acusaciones. Mediante un comunicado, le pidieron a los medios de comunicación «cuidado» con la información que estaban difundiendo: la información de la explosión la conocieron el día miércoles y la informaron al día siguiente por la mañana, explicaron. Por último, aclararon que ningún buque o submarino zarpa si no está se encuentra en condiciones de hacerlo.
